Ο Αμβρακικός κόλπος αποτελεί έναν από τους πιο σημαντικούς βιότοπους της Μεσογείου. Με τα τεχνικά έργα που έχουν γίνει ο κόλπος αποτελεί ένα μεγάλο ιχθυοτροφείο προς τα νερά του οποίου κάθε άνοιξη κινούνται πολλά είδη ψαριών και ιδιαίτερα ο γόνος από κέφαλους, τσιπούρες και χέλια αναζητώντας καλλίτερο περιβάλλον από άποψη θερμοκρασίας, αλμυρότητας και τροφής. Το Φθινόπωρο τα ώριμα για αναπαραγωγή πλέον ψάρια κινούνται προς την θάλασσα και συλλαμβάνονται στις συληπτικές εγκαταστάσεις που έχουν τοποθετήσει οι ψαράδες στα διάφορα στόμια επικοινωνίας.
 
Ο ποταμός Λούρος είναι από τους σημαντικότερους βιότοπους της χώρας, αλλά και ο περισσότερο υποβαθμισμένος. Ειδικά τα τελευταία χρόνια έχει γίνει προβληματική η επιβίωση των ειδών που ζούσαν εκεί με συνέπεια πολλά είδη να τείνουν να εξαφανιστούν και άλλα να έχουν μεταναστεύσει προς τον Αμβρακικό. Αυτό συνέβη επειδή ο Λούρος ποταμός έχει μετατραπεί σε αποδέκτη λυμάτων των κτηνοτροφικών μονάδων που έχουν εγκατασταθεί κατά μήκος του με αποτέλεσμα να είναι μολυσμένος. Πλήθος πτηνών που φωλιάζουν στις όχθες του ποταμού τείνουν να εξαφανιστούν ενώ σημαντική μείωση έχει επέλθει και στον αριθμό των ψαριών που φιλοξενούνται στα νερά του. Κατά μήκος του ποταμού στο τμήμα που βρίσκεται στο Ν. Πρέβεζας λειτουργεί ικανοποιητικός αριθμός μονάδων καλλιέργειας πέστροφας με σημαντική παραγωγή.
 
Η Λίμνη Ζηρού όπως έχει προαναφερθεί είναι μια περιοχή ασύγκριτου φυσικού κάλλους. Η Λίμνη εμπλουτίζεται με γενετικό δυναμικό εγχώριας προέλευσης από τις εκβολές των ποταμών ή εισάγεται από το εξωτερικό. Εκτός από την μεγάλη ποικιλία ψαριών ο βιότοπος περιλαμβάνει και αρκετά είδη πανίδας. Επίσης γύρω από τη λίμνη διαβιούν και διάφορα πτηνά. Σήμερα ο βιότοπος τείνει να υποβαθμιστεί και χρήζει άμεσης προστασίας και αξιοποίησης.