Σε δύο σημεία στην κοινότητα Θέμελου, βορειοανατολικά της προϊστορικής Εφύρας, εντοπίστηκαν όστρακα χειροποίητων αγγείων, τμήματα μυκηναϊκών κυλίκων και άλλα όστρακα, ενώ καταγράφηκε η παρουσία θεμελίων κτιρίων. Τα ευρήματα τοποθετούνται στην Εποχή του Χαλκού.
Στο λόφο του Αγίου Ιωάννη, όπου βρίσκεται το ελληνιστικό νεκρομαντείο, εντοπίστηκαν προϊστορικά ευρήματα κατά τις ανασκαφές που έγιναν εκεί από τη δεκαετία του 1960 και εξής από τον Σ.Ι.Δάκαρη.
Η ύπαρξη αυτών των ευρημάτων δείχνει τη χρήση του χώρου από τους Υστεροελλαδικούς χρόνους (τέλη Εποχής του Χαλκού). Τα ευρήματα σε σχετίζονται με τη λατρεία του Άδη και το Νεκρομαντείο Η εξαφάνιση των προϊστορικών λειψάνων οφείλεται στις εκτεταμένες εργασίες ισοπέδωσης της κορυφής του λόφου για την εγκατάσταση του ελληνιστικού νεκρομαντείου. Είναι πιθανόν να υπήρχε εδώ προϊστορικός οικισμός. Εάν υπήρχε και ομηρικό ή αρχαϊκό ιερό, αυτό μπορεί να ήταν μια απλή σπηλιά στο χώρο όπου λαξεύτηκε αργότερα η υπόγεια αίθουσα του Νεκρομαντείου.
Η περιοχή του Νεκρομαντείου αναφέρεται στην Οδύσσεια (κ,λ) -Νέκυια- όπου περιγράφεται κατάβαση στον Άδη ενός θνητού. Το γεγονός αυτό ενισχύει την υπόθεση χρήσης της θέσης κατά τους προϊστορικούς χρόνους. Στο χώρο του ιερού βρέθηκαν επίσης κεραμεικά και λίθινα ευρήματα της Νεολιθικής εποχής. Είναι λοιπόν πιθανό να υπήρχε και κατοίκηση πριν την Εποχή του Χαλκού. Εκατό μέτρα νότια του ιερού του Άδη (Νεκρομαντείο) εντοπίστηκε μυκηναϊκό εγχειρίδιο της περιόδου ΥΕ ΙΙΙ Β-Γ1. Κατά τον Σ.Ι. Δάκαρη ο τύπος αυτός είναι αγαπητός στην Ήπειρο. Το εύρημα συνδυάζεται με το θολωτό τάφο στην Κίπερη Πάργας και τα προϊστορικά ευρήματα της Εφύρας. Μυκηναϊκή αποικία στο λόφο Ξυλοκάστρου. Στη θέση της προϋπήρχε ανοιχτός οικισμός της Πρωτοελλαδικής και Μεσοελλαδικής περιόδου (η “Κίχυρος”), όπως δείχνουν τα όστρακα τύπου ΙΙ και ΙΙΙ που βρέθηκαν εκεί.
Κατά τον 14ο αι. ή 13ο αι. π.Χ. εγκαταστάθηκαν εδώ Μυκηναίοι άποικοι, οι οποίοι τείχισαν το χώρο και δημιούργησαν την “Εφύρα”. Η αποικία τειχίστηκε με κυκλώπειο τείχος περιμέτρου 1.120 μ. και εμβαδού 4,24 εκταρίων.
Φαίνεται να εγκαταλείφθηκε στα τέλη του 13ου – αρχές 12ου αι. π.Χ. λόγω της εισβολής βορειοδυτικών φύλων. Στο χώρο της ακρόπολης δημιουργήθηκαν τύμβοι, μετά την εγκατάλειψη του οικισμού. Οι ανασκαφές έφεραν σε φως 3 περιβόλους, αποθήκες, εργαστήρια και άλλα οικοδομικά λείψανα.
Είναι βεβαιωμένη η χρήση του χώρου από τα υστερομυκηναϊκά έως και τα ελληνιστικά χρόνια, αλλά υπάρχουν αρκετές ενδείξεις για εκμετάλλευση του χώρου και κατά την μεσοελλαδική και πρωτοελλαδική περίοδο.
Κοντά στην εκκλησία του Αγ.Αθανασίου, βόρεια της κοινότητας, εντοπίστηκαν λείψανα κτιρίων της Εποχής του Χαλκού. Πρόκειται κυρίως για κυκλικές κατασκευές με θεμέλια από αργολιθοδομή, περιμέτρου περίπου 6 μ. και πάχους τοίχου 0,50 – 0,60 μ.
Οι καλύβες αυτές ήταν στη συνέχεια κατασκευασμένες από ξύλο και άχυρο. Στο χώρο τους βρέθηκαν όστρακα χειροποίητης εγχώριας προϊστορικής κεραμεικής και τμήμα λίθινου πελέκεως της Εποχής του Χαλκού. Είναι πιθανόν να αντιπροσωπεύουν τα λείψανα οικισμού κτηνοτρόφων(;) της Εποχής του Χαλκού.
Υπολείμματα επιχώσεων ερυθρογής στους λόφους βορειοανατολικά της Στεφάνης. Τέχνεργα συγκεντρώθηκαν από διάφορα σημεία της περιοχής. Τα τέχνεργα είναι κυρίως μέσης παλαιολιθικής περιόδου, ενώ τα παραδείγματα υστερότερων τάφων είναι ελάχιστα. Τα ευρήματα παραμένουν στο σύνολό τους αδημοσίευτα. Δεν υπάρχει απόλυτη χρονολόγηση.
Δυτικά του χωριού βρέθηκαν τυχαία και παραδόθηκαν, χάλκινοι πελέκεις, αιχμές δοράτων και άλλα χάλκινα τέχνεργα (“Θησαυρός” Στεφάνης). Στην περιοχή εντοπισμού του θησαυρού υπάρχουν επιφανειακά θεμέλια κτιρίων και λιθοσωροί.
